|
|
Bakteriální REP elementy: původ, variabilita a využití.
Nunvář, Jaroslav ; Lichá, Irena (vedoucí práce) ; Pačes, Jan (oponent) ; Melter, Oto (oponent)
6 ABSTRAKT (česky) Tato práce shrnuje tři publikace, jejichž jednotícím tématem jsou bakteriální REP (angl. repetitive extragenic palindrome) elementy. REP elementy jsou jednou z nejznámějších a nejlépe charakterizovaných skupin repetitivních DNA sekvencí u bakterií. Jsou známé především u gamaproteobakterií, včetně enterobakterií. Vyskytují se v nekódujících oblastech hostitelských genomů, zpravidla ve stovkách kopií. REP elementy jsou typicky agregovány do repetitivních útvarů vyšších řádů. U gramnegativní modelové bakterie Escherichia coli byly popsány interakce REP elementů s několika důležitými proteiny buněčné fyziologie, svědčící o významné roli těchto sekvencí pro hostitelskou buňku. První studie (Nunvar et al. 2010) prezentuje objev třídy proteinů příbuzných tyrosinovým transponázám ze skupiny IS200/IS605 inzerčních sekvencí. Tyto proteiny, pojmenované RAYT (angl. REP-associated tyrosine transposase), jsou charakteristické přítomností specifických motivů v jejich aminokyselinové sekvenci, nepřítomných u kanonických IS200/IS605 transponáz. Dalším společným znakem je uspořádání genů kódujících RAYT proteiny. Tyto geny se v hostitelském chromozomu vyskytují vždy v jedné kopii a jsou z obou stran ohraničeny alespoň dvěma REP elementy v inverzní orientaci. Na základě podobnosti mezi systémem...
|
|
|
Bakteriální REP elementy: původ, variabilita a využití.
Nunvář, Jaroslav
6 ABSTRAKT (česky) Tato práce shrnuje tři publikace, jejichž jednotícím tématem jsou bakteriální REP (angl. repetitive extragenic palindrome) elementy. REP elementy jsou jednou z nejznámějších a nejlépe charakterizovaných skupin repetitivních DNA sekvencí u bakterií. Jsou známé především u gamaproteobakterií, včetně enterobakterií. Vyskytují se v nekódujících oblastech hostitelských genomů, zpravidla ve stovkách kopií. REP elementy jsou typicky agregovány do repetitivních útvarů vyšších řádů. U gramnegativní modelové bakterie Escherichia coli byly popsány interakce REP elementů s několika důležitými proteiny buněčné fyziologie, svědčící o významné roli těchto sekvencí pro hostitelskou buňku. První studie (Nunvar et al. 2010) prezentuje objev třídy proteinů příbuzných tyrosinovým transponázám ze skupiny IS200/IS605 inzerčních sekvencí. Tyto proteiny, pojmenované RAYT (angl. REP-associated tyrosine transposase), jsou charakteristické přítomností specifických motivů v jejich aminokyselinové sekvenci, nepřítomných u kanonických IS200/IS605 transponáz. Dalším společným znakem je uspořádání genů kódujících RAYT proteiny. Tyto geny se v hostitelském chromozomu vyskytují vždy v jedné kopii a jsou z obou stran ohraničeny alespoň dvěma REP elementy v inverzní orientaci. Na základě podobnosti mezi systémem...
|
|
|
Delimitace druhů u lobosních měňavek
Foučková, Martina ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Škaloud, Pavel (oponent)
Lobosní měňavky - měňavky vytvářející lobopodie - se vyskytují napříč skupinami Amoebozoa, Excavata, Rhizaria, a v rodu Anaeramoeba s nejasným postavením. Pro jejich druhovou delimitaci (tj. vymezení hranic pro odlišení jednotlivých druhů od sebe) jsou nejčastěji používané morfologické znaky, které bylo možné dokumentovat i v minulosti, jako je velikost a tvar těla, vzhled hyalinní zóny, panožek a subpseudopodií, granuloplazma s cytoplazmatickými inkluzemi, počet a velikost jader, tvar uroidu a podoba případné cysty. Dále jsou používány znaky na ultrastruktuře, kterými jsou ultrastruktura jádra, jadérka, povrchových útvarů a organel. Díky molekulárním metodám se dnes druhy popisují a rozlišují také díky sekvenování genu pro SSU rRNA a aktin, COI barcodingu a sekvencí ITS a je tak možné odhalovat i kryptické druhy. Před sekvenováním se pro molekulární popis druhů využívalo také technik RFLP, RAPD a izozymů. Tato práce hodnotí význam jednotlivých znaků používaných pro druhovou delimitaci lobosních měňavek na příkladu vybraných 125 druhů ze skupiny Amoebozoa (řádů Acanthamoebida, Pellitida, Himatismenida, Dermamoebida, Thecamoebida, Vannellida, Dactylopodida, Squamocutida, Variopodida, Euamoebida, Leptomyxida a Echinamoebida), Heterolobosea a Anaeramoebidae. Klíčová slova: barcoding, druhová...
|
|
|
Diverzita a rozšíření druhového komplexu Euastrum humerosum / didelta (Desmidiales)
Kupčíková, Eva ; Šťastný, Jan (vedoucí práce) ; Kollár, Jan (oponent)
Z 23 evropských a severoamerických kmenů druhového komplexu Euastrum humerosum/didelta (Desmidiales) jsem získala 3 evoluční linie v molekulárním markeru trnGucc intronu (druhého typu). U SSU intronu jsem nezískala signifikantní a jednotné výsledky. Je pravděpodobné, že jsou linie trnGucc intronu velice mladé. SEM odhalila jeden centrální pór a pětici hrbolků. Linie byly signifikantně odlišné svým tvarem a rozměry. V některých kmenech byla vysoká morfologická variabilita. Linie se lišily především délkou a šířkou buněk. Uvnitř morfotypu E. humerosum se linie lišily tvarem a rozměry polárního laloku. Uvnitř morfotypu E. didelta se linie lišily tvarem a rozměry krku. To bylo zjištěné geometrickou morfometrikou a měřením. Lineární diskriminační analýza krásivek z literatury odhalila, že je možné částečně odlišit skupiny variet (E. humerosum var. parallelum a E. didelta v linii A; dvě formy E. didelta f. val Piora a E. didelta f. latior v linii B; E. didelta var. inermiforme a E. humerosum var. affine v linii C). Klíčová slova: krásivky, druhy, skrytá diverzita, molekulární fylogenetika, geometrická morfometrika, Euastrum, skenovací elektronová mikroskopie
|
|
|
Diverzita a rozšíření druhového komplexu Euastrum humerosum / didelta (Desmidiales)
Kupčíková, Eva ; Šťastný, Jan (vedoucí práce) ; Kollár, Jan (oponent)
Z 23 evropských a severoamerických kmenů druhového komplexu Euastrum humerosum/didelta (Desmidiales) jsme získali 3 evoluční linie v molekulárním markeru trnGuuc intronu (druhého typu). U SSU intronu jsme nezískali signifikantní a jednotné výsledky. Je pravděpodobné, že jsou linie velice mladé. Linie byly signifikantně odlišné svým tvarem a rozměry. Použili jsme geometrickou morfometriku a měření rozměrů délky a šířky semicely, isthmu a jejich poměrů. V některých kmenech byla vysoká morfologická variabilita. Různé morfy v sebe přecházely a lišily se ve vroubkování bazálního laloku. Linie se lišily především svými rozměry a tvarově variabilními polárními laloky, včetně krku. SEM odhalila jeden centrální pór, oproti E. didelta var. bengalicum, který je v literatuře uváděn s póry dvěma. Klíčová slova: krásivky, druhy, skrytá diverzita, molekulární fylogenetika, geometrická morfometrika, Euastrum, skenovací elektronová mikroskopie
|
|
|
Molekulárně genetická studie pochvorepovitých (Emballonuridae) Blízkého východu a sousedních oblastí
Uvizl, Marek ; Benda, Petr (vedoucí práce) ; Vallo, Peter (oponent)
Na Blízkém východě se vyskytují tři druhy čeledi Emballonuridae, které jsou morfologicky rozděleni do několika poddruhů, které jsou ovšem leckdy definovány pouze nejasně a vnitrodruhové taxonomické uspořádání dotyčných druhů tak není uspokojivě vyřešeno. Proto byla v této práci použita molekulárně-genetická analýza, která může pomoci toto uspořádání zrevidovat na dosud neuplatněné rovině. Na základě dat získaných sekvenací mitochondriálních i jaderných markerů byla provedena fylogenetická analýza, která doplňuje informace o vnitrodruhových i mezidruhových vztazích populací dotyčné čeledi v této oblasti. Letouni (Chiroptera) z čeledi Emballonuridae, která je charakterizována ocasem pronikajícím skrze dorzální stranu uropatagia a redukcí prstních článků horní končetiny tvořící dlouhé a úzké křídlo, jsou rozšířeni cirkumtropicky a dělí se na dvě podčeledi. Podčeleď Emballonurinae se často dělí na dva triby, novosvětský tribus Diclidurini a starosvětský Emballonurini. Zástupci podčeledi Taphozoinae se vyskytují pouze ve Starém světě. Oblast Blízkého východu obývají tři druhy této čeledi. Coleura afra se vyskytuje pouze v jižní části Arabského poloostrova a zdejší populace se řadí k poddruhu C. a. gallarum. Taphozous nudiventris by se měl na Blízkém východě vyskytovat ve třech poddruzích, z nichž dva...
|
|
|
Bakteriální REP elementy: původ, variabilita a využití.
Nunvář, Jaroslav
6 ABSTRAKT (česky) Tato práce shrnuje tři publikace, jejichž jednotícím tématem jsou bakteriální REP (angl. repetitive extragenic palindrome) elementy. REP elementy jsou jednou z nejznámějších a nejlépe charakterizovaných skupin repetitivních DNA sekvencí u bakterií. Jsou známé především u gamaproteobakterií, včetně enterobakterií. Vyskytují se v nekódujících oblastech hostitelských genomů, zpravidla ve stovkách kopií. REP elementy jsou typicky agregovány do repetitivních útvarů vyšších řádů. U gramnegativní modelové bakterie Escherichia coli byly popsány interakce REP elementů s několika důležitými proteiny buněčné fyziologie, svědčící o významné roli těchto sekvencí pro hostitelskou buňku. První studie (Nunvar et al. 2010) prezentuje objev třídy proteinů příbuzných tyrosinovým transponázám ze skupiny IS200/IS605 inzerčních sekvencí. Tyto proteiny, pojmenované RAYT (angl. REP-associated tyrosine transposase), jsou charakteristické přítomností specifických motivů v jejich aminokyselinové sekvenci, nepřítomných u kanonických IS200/IS605 transponáz. Dalším společným znakem je uspořádání genů kódujících RAYT proteiny. Tyto geny se v hostitelském chromozomu vyskytují vždy v jedné kopii a jsou z obou stran ohraničeny alespoň dvěma REP elementy v inverzní orientaci. Na základě podobnosti mezi systémem...
|
|
|
Bakteriální REP elementy: původ, variabilita a využití.
Nunvář, Jaroslav ; Lichá, Irena (vedoucí práce) ; Pačes, Jan (oponent) ; Melter, Oto (oponent)
6 ABSTRAKT (česky) Tato práce shrnuje tři publikace, jejichž jednotícím tématem jsou bakteriální REP (angl. repetitive extragenic palindrome) elementy. REP elementy jsou jednou z nejznámějších a nejlépe charakterizovaných skupin repetitivních DNA sekvencí u bakterií. Jsou známé především u gamaproteobakterií, včetně enterobakterií. Vyskytují se v nekódujících oblastech hostitelských genomů, zpravidla ve stovkách kopií. REP elementy jsou typicky agregovány do repetitivních útvarů vyšších řádů. U gramnegativní modelové bakterie Escherichia coli byly popsány interakce REP elementů s několika důležitými proteiny buněčné fyziologie, svědčící o významné roli těchto sekvencí pro hostitelskou buňku. První studie (Nunvar et al. 2010) prezentuje objev třídy proteinů příbuzných tyrosinovým transponázám ze skupiny IS200/IS605 inzerčních sekvencí. Tyto proteiny, pojmenované RAYT (angl. REP-associated tyrosine transposase), jsou charakteristické přítomností specifických motivů v jejich aminokyselinové sekvenci, nepřítomných u kanonických IS200/IS605 transponáz. Dalším společným znakem je uspořádání genů kódujících RAYT proteiny. Tyto geny se v hostitelském chromozomu vyskytují vždy v jedné kopii a jsou z obou stran ohraničeny alespoň dvěma REP elementy v inverzní orientaci. Na základě podobnosti mezi systémem...
|
|
|
Unveiling hidden species diversity in desmids (Desmidiales, Viridiplantae)
Šťastný, Jan ; Neustupa, Jiří (vedoucí práce) ; F.M. Coesel, Peter (oponent) ; Kaštovský, Jan (oponent)
Krásivkové druhy byly tradi n vymezovány pouze na základ morfologických znak . Ov em astý chybný výklad morfologické variability u krásivek vedl v minulosti ke zna ným zmatk m v taxonomii této významné skupiny zelených as, co komplikuje interpretace krásivkové biodiverzity v kontextu sladkovodní ekologie, biogeografie a biomonitoringu. Proto jsem se v rámci této práce zam il p edev ím na doposud opomíjené téma, vyu ití polyfázického p ístupu pro výzkum taxonomie krásivek na druhové úrovni. Ve v t in studií byla pro zhodnocení taxonomie vybraných druh krásivek (zejména zástupc tvarov komplexních rod Micrasterias a Xanthidium) vyu ita kombinace jak tradi ních morfologických, tak i moderních fylogenetických a geometricko-morfometrických metod. Ve dvou láncích jsem pro vyjasn ní taxonomie n kolika tvarov mén nápadných krásivek pou il kombinaci tradi ních morfologických dat a dat o autekologii p íslu ných druh . Obecn , výsledky této práce ukázaly, e zp sob, jakým recentn nahlí íme na diverzitu a roz í ení krásivek, by m l být od základu zm n n. Reálná druhová diverzita je ve v t in p ípad z eteln jemn j í ne ta, definovaná pouze na základ klasických morfologických p ístup , asto je na úrovni variet t chto tradi ních morfologicky definovaných druh a lze ji v t inou dob e popsat pomocí kombinace...
|
|
|
Molecular phylogeny and evolutionary trends in Hieracium (Asteraceae, Lactuceae)
Krak, Karol ; Fehrer, Judith (vedoucí práce) ; Zozomová, Judita (oponent) ; Nieto Feliner, Gonzalo (oponent)
Pravé jestřábníky (Hieracium podrod Hieracium s. str.) se vyznačuje extrémní morfologickou variabilitou a různorodostí ploidních úrovní, která je spojená s různýma způsoby reprodukce. Předpokládá se, že v minulosti probíhala v rámci podrodu rozsáhlá hybridizace. V současné době je však hybridizace velice vzácná. Taxonomie podrodu je dost dobře propracována a diverzita na úrovni druhů je podrobně popsaná. Na druhé straně evoluční vztahy mezi jednotlivými druhy zatím nebyli studovány. Tato studie představuje první a zatím jedinou práci zaměřenou na objasnění těchto vztahů pomocí molekulárně biologických metod. Do analýz byly zahrnuty výlučně základní druhy (diploidní i polyploidní), které jsou morfologicky dobře odlišitelné a jsou chápány jako základní evoluční linie v rámci podrodu. Byli analyzovány sekvence dvou úseků chloroplastové DNA (trnT-trnL and trnV-ndhC) a mezerníkového úseku ETS, jádrové ribosomální DNA (nrDNA). V rámci studie byli vyvinuty tři nové low-copy jaderné markery, vhodné pro fylogenetické analýzy u Hieracium s. str., a každý z nich vykazoval vyšší variabilitu než nrDNA ETS. Jeden z nich, konkrétně část genu kódujícího enzym Squalen syntetázu (sqs), byl využit v rámci studie jako další jaderný úsek. Na základě analýzy sekvencí nrDNA ETS byly v podrodu Hieracium s. str....
|
host ::
RSS.